宅基地有纠纷，不能进行确权，要先把纠纷给解决了，才能进行确权。
《不动产登记暂行条例》第二十二条规定，存在尚未解决的权属争议的，不动产登记机构应当不予登记。
处理纠纷的方式一般有以下几种：
第一种就是有纠纷的当事方可以自己协商解决。
第二种方法就是申请来调查处理。
《土地权属争议调查处理办法》第二条规定土地权属争议，是指土地所有权或者使用权归属争议。当事人发生土地权属争议，经协商不能解决的，可以依法向县级以上或者乡级提出处理申请，也可以向国土资源行政主管部门提出调查处理申请。主管部门收到申请书之日起 7个工作日内提出是否受理的意见。决定受理以后，主管部门经过调查、审查，可以组织双方调解，调解不成的，提出调查处理意见，报同级作出处理决定。
第三种对作出的土地权属处理决定不服的，可以行政复议、行政诉讼。
检索最高人民裁判文书网，以处理决定、土地权属，行政案由、宅基地为关键词检索，全国范围内共检索到?43?篇文书，其中安徽省共检索到?279?篇文书。均是按照先行调查，作出处理决定，一方当事人不服的，再向提起行政诉讼。
最后，需要说明的是，如果宅基地的权属本身没有争议，只是宅基地因为继承、租赁、侵占等发生纠纷，应当依据《民法典》、《民事诉讼法》的规定提起民事诉讼，而不是先申请调查处理。
综上，纠纷解决好了，就可以进行确权。
